ग्रीकहरू 1460 सम्म Peloponnese मा राखिएका थिए, र भेनिस र जेनोजहरू केही टापुहरूमा टाँसिए, तर 16 औं शताब्दीको प्रारम्भमा सबै मुख्य भूमि ग्रीस र अधिकांश एजियन टापुहरू ओटोमन साम्राज्यद्वारा उपनिवेश बनाइयो, धेरै बन्दरगाह शहरहरू बाहेक। भेनिसहरू द्वारा आयोजित (नाफ्प्लियो, मोनेमवासिया, पर्गा र मेथोन तिनीहरूमध्ये सबैभन्दा महत्त्वपूर्ण)।एजियनको बीचमा रहेको साइक्लेड्स टापुहरू, आधिकारिक रूपमा ओटोम्यानहरूले 1579 मा कब्जा गरेका थिए, यद्यपि तिनीहरू 1530s देखि वासल स्थितिमा थिए।साइप्रस 1571 मा पतन भयो, र भेनिसहरूले 1669 सम्म क्रेटलाई कायम राखे। केफालोनिया (1479 देखि 1481 र 1485 देखि 1500 सम्म) को अपवाद बाहेक, आयोनियन टापुहरू कहिल्यै ओटोम्यानद्वारा शासन गरेनन्, र भेनिस गणतन्त्रको शासनमा रहे। ।यो आयोनियन टापुहरूमा थियो जहाँ आधुनिक ग्रीक राज्यको जन्म भएको थियो, 1800 मा सात टापुहरूको गणतन्त्रको निर्माणको साथ।ओटोमन ग्रीस एक बहुजातीय समाज थियो।यद्यपि, बहुसांस्कृतिकताको आधुनिक पश्चिमी धारणा, यद्यपि पहिलो नजरमा बाजराको प्रणालीसँग मेल खान्छ, ओटोम्यान प्रणालीसँग असंगत मानिन्छ।एक हातमा ग्रीकहरूलाई केही विशेषाधिकार र स्वतन्त्रता दिइएको थियो;अर्कोको साथमा उनीहरूले यसका प्रशासनिक कर्मचारीहरूको कुप्रथाबाट उत्पन्न भएको अत्याचारको सामना गर्नु परेको थियो जसमा केन्द्र सरकारको मात्र रिमोट र अपूर्ण नियन्त्रण थियो।जब ओटोम्यानहरू आइपुगे, दुईवटा ग्रीक प्रवासहरू भए।पहिलो माइग्रेसनले ग्रीक बुद्धिजीवीहरूलाई पश्चिमी यूरोपमा बसाइँ सरेको र पुनर्जागरणको आगमनलाई प्रभाव पारेको थियो।दोस्रो बसाइँसराइले ग्रीकहरूलाई ग्रीक प्रायद्वीपको मैदान छोडेर पहाडहरूमा बसोबास गर्न बाध्य तुल्यायो।बाजरा प्रणालीले अर्थोडक्स ग्रीकहरूको जातीय एकतामा योगदान पुर्‍यायो र ओटोमन साम्राज्य भित्रका विभिन्न मानिसहरूलाई धर्मको आधारमा छुट्यायो।ओटोम्यान शासनको समयमा मैदानहरूमा बस्ने ग्रीकहरू या त विदेशी शासनको बोझको सामना गर्ने ईसाईहरू थिए वा क्रिप्टो-क्रिस्चियनहरू (ग्रीक मुस्लिमहरू जो ग्रीक अर्थोडक्स विश्वासका गोप्य अभ्यासकर्ता थिए) थिए।केही ग्रीकहरू भारी करबाट बच्नको लागि क्रिप्टो-क्रिस्चियन बने र एकै समयमा ग्रीक अर्थोडक्स चर्चसँग आफ्नो सम्बन्ध कायम गरेर आफ्नो पहिचान व्यक्त गरे।यद्यपि, ग्रीकहरू जो इस्लाममा परिणत भए र क्रिप्टो-क्रिप्टो-क्रिस्चियनहरू थिएनन् उनीहरूलाई अर्थोडक्स ग्रीकहरूको नजरमा "टर्क्स" (मुस्लिम) मानिन्थ्यो, यद्यपि उनीहरूले टर्की भाषा अपनाएनन्।१९ औं शताब्दीको प्रारम्भसम्म ओटोम्यानहरूले ग्रीसको अधिकांश भागमा शासन गरे।पहिलो स्वशासित, मध्य युग पछि, हेलेनिक राज्य 1800 मा, मुख्य भूमि ग्रीसमा ग्रीक क्रान्तिको प्रकोप हुनु अघि, फ्रान्सेली क्रान्तिकारी युद्धहरूमा स्थापित भएको थियो।यो राजधानी कोर्फु संग सेप्टिन्सुलर गणतन्त्र थियो।