2001 च्या सार्वत्रिक निवडणुकीद्वारे थाक्सिनचा थाई राक थाई पक्ष सत्तेवर आला, जिथे त्यांनी प्रतिनिधीगृहात जवळपास बहुमत मिळविले.पंतप्रधान या नात्याने, थाक्सिन यांनी धोरणांचे एक व्यासपीठ सुरू केले, ज्याला "थॅक्सिनॉमिक्स" असे लोकप्रिय म्हटले जाते, ज्यात देशांतर्गत वापराला चालना देणे आणि विशेषतः ग्रामीण जनतेला भांडवल उपलब्ध करून देणे यावर लक्ष केंद्रित केले.वन टॅम्बन वन प्रोडक्ट प्रकल्प आणि 30-बात युनिव्हर्सल हेल्थकेअर स्कीम यासारख्या लोकसंख्येच्या धोरणांसह निवडणूक आश्वासने पूर्ण करून, त्यांच्या सरकारने विशेषत: 1997 च्या आशियाई आर्थिक संकटाच्या परिणामातून अर्थव्यवस्था सावरल्यामुळे उच्च मान्यता मिळवली.चार वर्षांचा कार्यकाळ पूर्ण करणारे थाकसिन हे लोकशाही पद्धतीने निवडून आलेले पहिले पंतप्रधान बनले आणि 2005 च्या सार्वत्रिक निवडणुकीत थाई राक थाई यांनी प्रचंड विजय मिळवला.^[७७]तथापि, थाक्सिनची राजवटही वादाच्या भोवऱ्यात सापडली होती.राज्यकारभारात, सत्तेचे केंद्रीकरण आणि नोकरशाहीच्या कामकाजात वाढत्या हस्तक्षेपात त्यांनी हुकूमशाही "सीईओ-शैलीचा" दृष्टिकोन स्वीकारला होता.1997 च्या राज्यघटनेने अधिकाधिक सरकारी स्थिरतेची तरतूद केली असताना, थाक्सिन यांनी सरकारच्या विरोधात नियंत्रण आणि संतुलन म्हणून काम करण्यासाठी डिझाइन केलेल्या स्वतंत्र संस्थांना तटस्थ करण्यासाठी देखील त्यांचा प्रभाव वापरला.त्याने टीकाकारांना धमकावले आणि केवळ सकारात्मक भाष्य करण्यासाठी मीडियाला हाताळले.सर्वसाधारणपणे मानवी हक्क खालावले, "ड्रग्ज विरुद्ध युद्ध" परिणामी 2,000 पेक्षा जास्त न्यायबाह्य हत्या झाल्या.थाक्सिनने दक्षिण थायलंडच्या बंडखोरीला अत्यंत संघर्षात्मक दृष्टिकोनाने प्रतिसाद दिला, परिणामी हिंसाचारात लक्षणीय वाढ झाली.^[७८]शिन कॉर्पोरेशनमधील थाक्सिनच्या कुटुंबाची होल्डिंग्स टेमासेक होल्डिंग्सला विकल्यामुळे जानेवारी 2006 मध्ये थाक्सिनच्या सरकारच्या विरोधाला खूप वेग आला.पीपल्स अलायन्स फॉर डेमोक्रसी (PAD) या नावाने ओळखल्या जाणार्‍या गटाने मीडिया टायकून सोंधी लिमथोंगकुल यांच्या नेतृत्वाखाली ठकसिन यांच्यावर भ्रष्टाचाराचा आरोप करत नियमित जनसभा घेण्यास सुरुवात केली.देश राजकीय संकटाच्या स्थितीत गेला असताना, थाक्सिन यांनी प्रतिनिधी सभागृह विसर्जित केले आणि एप्रिलमध्ये सार्वत्रिक निवडणूक झाली.मात्र, डेमोक्रॅट पक्षाच्या नेतृत्वाखालील विरोधी पक्षांनी निवडणुकीवर बहिष्कार टाकला.PAD ने आपला निषेध चालू ठेवला आणि थाई राक थाईने निवडणूक जिंकली असली तरी मतदान केंद्रांच्या व्यवस्थेत बदल केल्यामुळे घटनात्मक न्यायालयाने निकाल रद्दबातल ठरवले.ऑक्टोबरमध्ये नवीन निवडणूक नियोजित होती, आणि 9 जून 2006 रोजी देशाने राजा भूमिबोलची हीरक जयंती साजरी केल्यामुळे थाक्सिन काळजीवाहू सरकारचे प्रमुख म्हणून काम करत राहिले ^{[. ७९]}