1997 च्या निवडणुकीत, पुराणमतवादी पक्षाने महत्त्वपूर्ण बहुमत मिळवले, ज्यामुळे पंतप्रधानांच्या अधिकारावरील नियंत्रण आणि संतुलन कमी करण्यासाठी त्यांना घटना दुरुस्ती करण्यास सक्षम केले.नवाझ शरीफ यांना अध्यक्ष फारुख लेघारी, जॉइंट चीफ ऑफ स्टाफ कमिटीचे अध्यक्ष जनरल जहांगीर करामत, नौदल प्रमुख अॅडमिरल फसीह बोखारी आणि सरन्यायाधीश सज्जाद अली शाह या प्रमुख व्यक्तींकडून संस्थात्मक आव्हानांचा सामना करावा लागला.शरीफ यांनी या आव्हानांचा यशस्वीपणे सामना केला, परिणामी चारही जणांनी राजीनामे दिले, शरीफ यांच्या समर्थकांनी सर्वोच्च न्यायालयावर हल्ला केल्यावर सरन्यायाधीश शाह यांनी पद सोडले.1998 मध्ये भारतीय अणुचाचण्यांनंतर (ऑपरेशन शक्ती) भारतासोबतचा तणाव वाढला.प्रत्युत्तर म्हणून, शरीफ यांनी कॅबिनेट संरक्षण समितीची बैठक बोलावली आणि त्यानंतर चगाई हिल्समध्ये पाकिस्तानच्या स्वतःच्या अणुचाचण्यांचे आदेश दिले.या कृतीचा, आंतरराष्ट्रीय स्तरावर निषेध होत असताना, देशांतर्गत लोकप्रिय होता आणि भारतीय सीमेवर लष्करी तत्परता वाढवली.आण्विक चाचण्यांनंतर आंतरराष्ट्रीय टीकेला शरीफ यांच्या तीव्र प्रतिसादात अण्वस्त्र प्रसारासाठी भारताची निंदा करणे आणिजपानमधील अण्वस्त्रांचा ऐतिहासिक वापर केल्याबद्दल अमेरिकेवर टीका करणे समाविष्ट होते:जगाने, [भारतावर] दबाव टाकण्याऐवजी... विनाशकारी मार्ग न स्वीकारण्याचा... तिची कोणतीही चूक नसताना [पाकिस्तान] वर सर्व प्रकारचे निर्बंध लादले...!जर जपानची स्वतःची आण्विक क्षमता असती...त्यांच्या नेतृत्वाखाली, पाकिस्तान हे सातवे घोषित अण्वस्त्रधारी राष्ट्र बनले आणि मुस्लिम जगातील पहिले देश बनले.आण्विक विकासाव्यतिरिक्त, शरीफ यांच्या सरकारने पाकिस्तान पर्यावरण संरक्षण एजन्सी स्थापन करून पर्यावरणविषयक धोरणे लागू केली.भुट्टोची सांस्कृतिक धोरणे पुढे चालू ठेवत शरीफ यांनी भारतीय माध्यमांना काही प्रवेशाची परवानगी दिली, ज्यामुळे मीडिया धोरणात थोडासा बदल झाला.