1999 ते 2007 या काळात परवेझ मुशर्रफ यांच्या अध्यक्षतेमुळे पहिल्यांदाच उदारमतवादी शक्तींनी पाकिस्तानमध्ये महत्त्वपूर्ण सत्ता हाती घेतली होती.सिटी बँकेचे कार्यकारी शौकत अझीझ यांनी अर्थव्यवस्थेचा ताबा घेत आर्थिक उदारीकरण, खाजगीकरण आणि मीडिया स्वातंत्र्यासाठी पुढाकार घेतला.मुशर्रफ यांच्या सरकारने पुराणमतवादी आणि डाव्या विचारांना बाजूला सारून उदारमतवादी पक्षांच्या राजकीय कार्यकर्त्यांना कर्जमाफी दिली.भारताच्या सांस्कृतिक प्रभावाचा मुकाबला करण्याच्या उद्देशाने मुशर्रफ यांनी खाजगी माध्यमांचा लक्षणीय विस्तार केला.सुप्रीम कोर्टाने ऑक्टोबर 2002 पर्यंत सार्वत्रिक निवडणुका घेण्याचे आदेश दिले आणि मुशर्रफ यांनी 2001 मध्ये अफगाणिस्तानवर अमेरिकेच्या आक्रमणाला मान्यता दिली. काश्मीरवरून भारतासोबतच्या तणावामुळे 2002 मध्ये लष्करी अडथळे निर्माण झाले.मुशर्रफ यांच्या 2002 च्या सार्वमताने, वादग्रस्त मानले गेले, त्यांचा अध्यक्षीय कार्यकाळ वाढवला.2002 च्या सार्वत्रिक निवडणुकीत उदारमतवादी आणि मध्यवर्तींनी बहुमत मिळवून मुशर्रफ यांच्या पाठिंब्याने सरकार स्थापन केले.पाकिस्तानच्या घटनेतील 17 व्या घटनादुरुस्तीने मुशर्रफ यांच्या कृतींना पूर्वलक्षी रीतीने कायदेशीर मान्यता दिली आणि त्यांचे अध्यक्षपद वाढवले.शौकत अझीझ 2004 मध्ये पंतप्रधान झाले, त्यांनी आर्थिक वाढीवर लक्ष केंद्रित केले परंतु सामाजिक सुधारणांसाठी विरोधाचा सामना केला.मुशर्रफ आणि अझीझ अल-कायदाशी संबंधित अनेक हत्येच्या प्रयत्नांतून बचावले.आंतरराष्ट्रीय स्तरावर, अणुप्रसाराच्या आरोपांमुळे त्यांची विश्वासार्हता कलंकित झाली.स्थानिक आव्हानांमध्ये आदिवासी भागातील संघर्ष आणि 2006 मध्ये तालिबानसोबत झालेल्या युद्धाचा समावेश होता, तरीही सांप्रदायिक हिंसाचार कायम होता.