1958 मध्ये मार्शल लॉ लागू करून पाकिस्तानची संसदीय व्यवस्था संपुष्टात आली.नागरी नोकरशाही आणि प्रशासनातील भ्रष्टाचाराबद्दल लोकांच्या भ्रमनिरासामुळे जनरल अयुब खान यांच्या कृतींना पाठिंबा मिळाला.^[१६] लष्करी सरकारने महत्त्वपूर्ण जमीन सुधारणा हाती घेतल्या आणि एचएस सुहरावर्दी यांना सार्वजनिक पदावरून वगळून इलेक्टिव्ह बॉडीज डिसक्वॉलिफिकेशन ऑर्डर लागू केला.खान यांनी "मूलभूत लोकशाही" ही एक नवीन अध्यक्षीय प्रणाली सुरू केली जिथे 80,000 च्या इलेक्टोरल कॉलेजने राष्ट्रपतीची निवड केली आणि 1962 च्या संविधानाची घोषणा केली.^[१७] 1960 मध्ये, अयुब खान यांनी राष्ट्रीय सार्वमतामध्ये लोकांचा पाठिंबा मिळवला, लष्कराकडून घटनात्मक नागरी सरकारमध्ये संक्रमण झाले.^[१६]अयुब खानच्या अध्यक्षपदाच्या काळात झालेल्या महत्त्वपूर्ण घडामोडींमध्ये राजधानीच्या पायाभूत सुविधा कराचीहून इस्लामाबादला हलवण्याचा समावेश होता.हा काळ, "महान दशक" म्हणून ओळखला जातो, त्याच्या आर्थिक विकासासाठी आणि सांस्कृतिक बदलांसाठी साजरा केला जातो, ^[१८] पॉप संगीत, चित्रपट आणि नाटक उद्योगांच्या उदयासह.अयुब खान यांनी पाकिस्तानला युनायटेड स्टेट्स आणि पाश्चात्य जगाशी संरेखित केले आणि सेंट्रल ट्रीटी ऑर्गनायझेशन (CENTO) आणि दक्षिणपूर्व आशिया ट्रीटी ऑर्गनायझेशन (SEATO) मध्ये सामील झाले.खाजगी क्षेत्र वाढले, आणि देशाने शिक्षण, मानव विकास आणि विज्ञान या क्षेत्रात प्रगती केली, ज्यामध्ये अवकाश कार्यक्रम सुरू करणे आणि अणुऊर्जा कार्यक्रम सुरू ठेवणे समाविष्ट आहे.^[१८]तथापि, 1960 मधील U2 गुप्तचर विमानाच्या घटनेने राष्ट्रीय सुरक्षेशी तडजोड करून पाकिस्तानकडून अमेरिकेच्या गुप्त कारवाया उघड केल्या.त्याच वर्षी संबंध सामान्य करण्यासाठी पाकिस्तानने भारतासोबत सिंधू जल करारावर स्वाक्षरी केली.^[१९] चीनशी संबंध मजबूत झाले, विशेषत: भारत-चीन युद्धानंतर, ज्यामुळे 1963 मध्ये एक सीमा करार झाला ज्याने शीतयुद्धाची गतिशीलता बदलली.1964 मध्ये, पाकिस्तानी सशस्त्र दलांनी पश्चिम पाकिस्तानमध्ये एक संशयित प्रो-कम्युनिस्ट बंड दडपले आणि 1965 मध्ये, अयुब खान यांनी फातिमा जिना यांच्या विरोधात वादग्रस्त राष्ट्रपतीपदाची निवडणूक जिंकली.