16व्या शतकाच्या सुरुवातीस, 1517 मध्ये ऑट्टोमनने इजिप्तवर विजय मिळवल्यानंतर, सुलतान सेलीम पहिला याने युनूस पाशा यांची इजिप्तचा गव्हर्नर म्हणून नियुक्ती केली, परंतु भ्रष्टाचाराच्या मुद्द्यांमुळे लवकरच त्यांची जागा हायर बे यांनी घेतली.^[९७] या कालावधीत ऑट्टोमन प्रतिनिधी आणिमामलूक यांच्यातील सत्ता संघर्ष होता, ज्यांनी लक्षणीय प्रभाव राखला होता.इजिप्तच्या 12 संजाकांमध्ये प्रमुख पदे धारण करून, प्रशासकीय रचनेत मामलुकांचा समावेश करण्यात आला.सुलतान सुलेमान द मॅग्निफिशियंटच्या अंतर्गत, पाशाच्या मदतीसाठी ग्रेटर दिवान आणि लेसर दिवानची स्थापना करण्यात आली होती, ज्यामध्ये सैन्य आणि धार्मिक अधिकारी यांचे प्रतिनिधित्व होते.सेलीमने इजिप्तच्या संरक्षणासाठी सहा रेजिमेंट स्थापन केल्या, ज्यामध्ये सुलेमानने सातव्या रेजिमेंटची भर घातली.^[९८]ऑट्टोमन प्रशासनाने वारंवार इजिप्शियन गव्हर्नर बदलले, अनेकदा दरवर्षी.एक गव्हर्नर, हेन अहमद पाशा, यांनी स्वातंत्र्य प्रस्थापित करण्याचा प्रयत्न केला परंतु तो अयशस्वी झाला आणि त्याला मारण्यात आले.^[९८] १५२७ मध्ये, इजिप्तमध्ये जमिनीचे चार प्रकारांमध्ये वर्गीकरण करून जमीन सर्वेक्षण करण्यात आले: सुलतानचे कार्यक्षेत्र, जागी, लष्करी देखभालीची जमीन आणि धार्मिक पायाभूत जमीन.हे सर्वेक्षण 1605 मध्ये लागू करण्यात आले. ^[98]इजिप्तमधील 17 व्या शतकात लष्करी विद्रोह आणि संघर्षांचे वैशिष्ट्य होते, बहुतेकदा सैन्याने खंडणी रोखण्याच्या प्रयत्नांमुळे.1609 मध्ये, एका महत्त्वपूर्ण संघर्षामुळे कारा मेहमेद पाशाचा कैरोमध्ये विजयी प्रवेश झाला, त्यानंतर आर्थिक सुधारणा झाल्या.^[९८] या काळात, स्थानिक मामलुक बेईंनी इजिप्शियन प्रशासनात वर्चस्व मिळवले, अनेकदा लष्करी पदे भूषवली आणि ऑट्टोमन-नियुक्त राज्यपालांना आव्हान दिले.^[९९] मजबूत स्थानिक संबंधांसह इजिप्शियन सैन्याने राज्यपालांच्या नियुक्तीवर वारंवार प्रभाव टाकला आणि प्रशासनावर त्यांचे बऱ्यापैकी नियंत्रण होते.^[१००]या शतकात इजिप्तमध्ये दोन प्रभावशाली गटांचा उदय झाला: ऑट्टोमन घोडदळाशी संबंधित फकारी आणि मूळ इजिप्शियन सैन्याशी संबंधित कासीमी.त्यांच्या विशिष्ट रंग आणि चिन्हांद्वारे प्रतीक असलेल्या या गटांनी ऑट्टोमन इजिप्तच्या शासन आणि राजकारणावर लक्षणीय प्रभाव पाडला.^[१०१]