16 ғасырдың басында, 1517 жылы
Османлылар Мысырды жаулап алғаннан кейін, І Сұлтан Селим Юнус пашаны Мысырға әмірші етіп тағайындады, бірақ көп ұзамай жемқорлық мәселесіне байланысты оның орнына Хайыр бей келді.
[97] Бұл кезең Османлы өкілдері мен маңызды ықпалын сақтап қалған
мамлюктер арасындағы билік үшін күресті белгіледі.Мамлюктер Мысырдың 12 санжакында негізгі қызметтерді атқарып, әкімшілік құрылымға қосылды.Ұлы Сұлтан Сүлейменнің тұсында пашаға көмектесу үшін әскер мен діни билік өкілдерінің қатысуымен
Үлкен және Кіші диуан құрылды.Селим Египетті қорғау үшін алты полк құрды, оған Сүлеймен жетінші полк қосты.
[98]Османлы әкімшілігі Мысыр губернаторын жиі ауыстырды, жиі жыл сайын.Бір губернатор Хайн Ахмед Паша тәуелсіздік орнатуға әрекеттенді, бірақ ол сәтсіздікке ұшырап, өлім жазасына кесілді.
[98] 1527 жылы Мысырда жерді зерттеу жұмыстары жүргізіліп, жерді төрт түрге бөлді: сұлтан иелігі, тайлар, әскери қызмет ететін жерлер және діни іргетас жерлер.Бұл сауалнама 1605 жылы жүзеге асырылды
[98.]Мысырдағы 17 ғасырда әскери тәртіпсіздіктер мен қақтығыстар жиі болды, бұл көбінесе әскерлердің бопсалауын тоқтату әрекеттеріне байланысты болды.1609 жылы елеулі қақтығыс Қара Мехмед пашаның Каирге жеңіспен кіруіне, содан кейін қаржылық реформаларға әкелді.
[98] Осы уақыт ішінде Мысыр әкімшілігінде жергілікті мәмлюк билері үстемдікке ие болды, олар көбінесе әскери қызметтерді атқарды және Османлы тағайындаған губернаторларға қарсы шықты.
[99] Мықты жергілікті байланыстары бар Мысыр әскері губернаторларды тағайындауға жиі әсер етті және әкімшілікті айтарлықтай бақылауға алды.
[100]Бұл ғасырда Мысырда екі ықпалды топтың пайда болуы да байқалды: Османлы атты әскерімен байланысқан Факари және Мысырдың жергілікті әскерлерімен байланысты Касими.Өздерінің ерекше түстері мен символдарымен бейнеленген бұл топтар Османлы Мысырының басқаруы мен саясатына айтарлықтай әсер етті.
[101]