
Nel corso del XVI secolo, la Riforma protestante guadagnò rapidamente terreno nel nord Europa, soprattutto nelle sue forme luterana e calvinista. I protestanti olandesi, dopo la repressione iniziale, furono tollerati dalle autorità locali. Entro il 1560, la comunità protestante aveva acquisito un'influenza significativa nei Paesi Bassi, sebbene allora formasse chiaramente una minoranza. In una società dipendente dal commercio, la libertà e la tolleranza erano considerate essenziali. Tuttavia, i governanti cattolici Carlo V, e poi Filippo II, si prefissero come missione quella di sconfiggere il protestantesimo, che era considerato un'eresia dalla Chiesa cattolica e una minaccia alla stabilità dell'intero sistema politico gerarchico. D'altra parte, i protestanti olandesi, intensamente moralisti, insistevano che la loro teologia biblica, la pietà sincera e lo stile di vita umile fossero moralmente superiori alle abitudini lussuose e alla religiosità superficiale della nobiltà ecclesiastica. Le dure misure punitive dei governanti portarono a crescenti rimostranze nei Paesi Bassi, dove i governi locali avevano intrapreso un percorso di coesistenza pacifica. Nella seconda metà del secolo la situazione peggiorò. Filippo inviò truppe per reprimere la ribellione e rendere i Paesi Bassi ancora una volta una regione cattolica.
Nella prima ondata della Riforma, il luteranesimo conquistò le élite di Anversa e del sud. Gli spagnoli lo repressero con successo lì, e il luteranesimo fiorì solo nella Frisia orientale. La seconda ondata della Riforma arrivò sotto forma di anabattismo, popolare tra i comuni contadini dell'Olanda e della Frisia. Gli anabattisti erano socialmente molto radicali ed egualitari; credevano che l'apocalisse fosse molto vicina. Si rifiutarono di vivere alla vecchia maniera e fondarono nuove comunità, creando un notevole caos. Un eminente anabattista olandese fu Menno Simons, che diede inizio alla chiesa mennonita. Il movimento è stato consentito nel nord, ma non è mai cresciuto su larga scala. La terza ondata della Riforma, che alla fine si rivelò permanente, fu il Calvinismo. Arrivò nei Paesi Bassi intorno al 1540, attirando sia l'élite che la popolazione comune, soprattutto nelle Fiandre. Gli spagnoli cattolici risposero con dure persecuzioni e introdussero l'Inquisizione nei Paesi Bassi. I calvinisti si ribellarono. Prima ci fu l'iconoclastia nel 1566, che fu la distruzione sistematica delle statue dei santi e di altre rappresentazioni devozionali cattoliche nelle chiese. Nel 1566, Guglielmo il Taciturno, un calvinista, iniziò la Guerra degli Ottant'anni per liberare tutti gli olandesi di qualunque religione dallaSpagna cattolica . Blum dice: "La sua pazienza, tolleranza, determinazione, preoccupazione per il suo popolo e fede nel governo consensuale hanno tenuto uniti gli olandesi e mantenuto vivo il loro spirito di rivolta". Le province dell'Olanda e della Zelanda, essendo prevalentemente calviniste nel 1572, si sottomisero al governo di Guglielmo. Gli altri stati rimasero quasi interamente cattolici.