
Nel 1798, durante le guerre rivoluzionarie francesi, la Svizzera fu invasa dai francesi, segnando il crollo dell'Antica Confederazione Svizzera e l'istituzione della Repubblica Elvetica, uno stato cliente centralizzato della Francia rivoluzionaria. L'invasione francese fu motivata dalla necessità strategica di proteggere i valichi alpini per l'accesso al nord Italia e di sfruttare le risorse della Svizzera. Alimentata dalle rivolte interne conosciute come Rivoluzione Elvetica in Svizzera, in particolare a Vaud (allora territorio soggetto a Berna), dove la popolazione francofona cercava l'indipendenza, fornì alla Francia un'opportunità. Le forze rivoluzionarie e gli elementi filo-francesi in tutta la Svizzera iniziarono delle rivolte, che portarono alla proclamazione di numerose repubbliche di breve durata.
Le truppe francesi, comandate dai generali Guillaume Brune e Balthazar Alexis Henri Schauenburg, avanzarono da più direzioni, incontrando la resistenza principalmente delle forze bernesi e della Svizzera centrale guidate da comandanti come Karl Ludwig von Erlach e Alois von Reding. Nonostante alcuni successi iniziali, inclusa una vittoria bernese a Neuenegg, i francesi conquistarono Berna, portandola alla resa il 5 marzo 1798. La decisiva battaglia di Grauholz confermò il crollo della resistenza di Berna.
Il 12 aprile 1798 fu proclamata la Repubblica Elvetica, che istituì un governo centralizzato ispirato alla Rivoluzione francese. Questo nuovo regime abolì la sovranità cantonale, istituì la cittadinanza svizzera e ristrutturò la governance con una legislatura bicamerale. Tuttavia suscitò resistenza, soprattutto nelle aree cattoliche conservatrici come i Cantoni forestali (Uri, Svitto e Untervaldo), provocando rivolte che furono duramente represse.
La Svizzera divenne presto un campo di battaglia per Francia , Austria e Russia durante i conflitti del 1799, in particolare a Zurigo e Winterthur, dove i francesi combatterono per mantenere il controllo. Le divisioni interne tra Unitaires (che favorivano l'unità) e Federalisti (che volevano un governo decentralizzato) destabilizzarono la Repubblica Elvetica e il regime divenne dipendente dal sostegno militare francese. Nel 1802, il collasso finanziario e le rivolte come quella di Stecklikrieg indebolirono ulteriormente il governo.
Napoleone Bonaparte intervenne nel 1803 con l'atto di mediazione, che ripristinò l'autonomia cantonale e trasformò nuovamente la Svizzera in una confederazione. Furono aggiunti sei nuovi cantoni: Vaud, Ticino, Argovia, Turgovia, Grigioni e San Gallo, garantendo ai territori precedentemente soggetti piena adesione e uguaglianza.
Durante questo periodo di "mediazione" (1803-1815), la neutralità svizzera fu compromessa, poiché i francesi occuparono parti del territorio svizzero (ad esempio, Ticino e Vallese) per proteggere i passi alpini strategici. L'indebolimento del potere di Napoleone nel 1812-1813 incoraggiò le forze austriache ad occupare la Svizzera nel 1813, portando allo scioglimento formale della costituzione del 1803.
Nel 1815, il Congresso di Vienna riconobbe ufficialmente la neutralità svizzera e ristabilì la Confederazione Svizzera con 22 cantoni, tra cui il Vallese, Ginevra e Neuchâtel appena aggiunti. Questo insediamento segnò la fine dell'età napoleonica e l'inizio del periodo della Restaurazione, con la restaurazione della sovranità cantonale ma l'abolizione delle terre soggette.
Il periodo napoleonico fu fondamentale nel plasmare la Svizzera moderna introducendo idee di identità nazionale, uguaglianza tra i cantoni e governance centralizzata, anche se gli svizzeri rimasero profondamente divisi su questi cambiamenti.