L’era dell’assolutismo illuminato nelle terre ceche sotto Maria Teresa (1740–1780) e suo figlio, Giuseppe II (1780–1790), portò cambiamenti significativi influenzati dagli ideali illuministi. Entrambi i sovrani cercavano un'amministrazione più razionale ed efficiente per la Boemia, muovendo verso la centralizzazione del controllo e la riduzione del potere dei possedimenti regionali. Questo governo centralizzato mirava a unificare i territori asburgici ma smantellò gradualmente la tradizionale autonomia del Regno di Boemia.
Il governo di Maria Teresa fu inizialmente messo in discussione quando Federico II di Prussia , alleato della Baviera e della Sassonia, invase la Boemia nel 1740. Nonostante avesse rivendicato gran parte della Boemia, Maria Teresa fu costretta a cedere quasi tutta la Slesia alla Prussia nel Trattato di Breslavia (1742), privando la Boemia della sua regione più industrializzata. Successivamente unì l'amministrazione boema con quella austriaca, privando gli stati cechi dell'autorità politica e stabilendo il tedesco come lingua ufficiale di governo. Le sue riforme si estesero alla chiesa e all'istruzione, nazionalizzando le scuole, eliminando l'influenza dei gesuiti e promuovendo le scienze rispetto alla teologia. Anche se il tedesco divenne più importante, questi cambiamenti ampliarono anche l’accesso all’istruzione, offrendo opportunità di avanzamento alla popolazione ceca.
Le riforme continuarono sotto Giuseppe II, che ampliò la tolleranza religiosa con la Patente di Tolleranza nel 1781, consentendo il culto protestante. Abolì gli obblighi feudali come il lavoro forzato, garantendo ai contadini la libertà di muoversi e sposarsi. Questo aumento della mobilità sociale portò molti contadini cechi a migrare verso le città, accelerando la crescita urbana, l’industrializzazione e l’emergere di una classe media ceca in città che in precedenza erano in gran parte di lingua tedesca.
Il progresso sociale ed economico alimentato da queste riforme alla fine ha aiutato la popolazione ceca. L’industrializzazione si diffuse, con investimenti nella produzione tessile, del carbone e del vetro, e le aree urbane crebbero man mano che i cechi entrarono nella forza lavoro e nelle istituzioni educative. Tuttavia, la germanizzazione dell'amministrazione e della nobiltà minacciò l'identità culturale ceca, portando ad una graduale erosione dell'autonomia del Regno di Boemia.
Sotto i sovrani successivi, in particolare Francesco II, molte delle riforme di Giuseppe furono annullate sotto la pressione dell'aristocrazia e l'Impero austriaco emerse dopo la dissoluzione del Sacro Romano Impero nel 1806. Sebbene le riforme di Maria Teresa e Giuseppe II indebolissero l'autonomia politica ceca , gettarono indirettamente le basi per la rinascita nazionale ceca promuovendo una classe media ceca alfabetizzata e impegnata, che in seguito avrebbe sostenuto l'identità e l'autonomia nazionale.
Nel 1805, l'esercito di Napoleone invase il territorio austriaco, culminando nella decisiva battaglia di Austerlitz, o battaglia dei Tre Imperatori, combattuta nella Moravia meridionale vicino a Brno. La vittoria di Napoleone sulle forze combinate austriache e russe costrinse l'imperatore asburgico Francesco I a firmare il Trattato di Presburgo, che cedette importanti territori asburgici agli alleati di Napoleone. Poco dopo, il Sacro Romano Impero fu formalmente sciolto e al suo posto Napoleone istituì la Confederazione del Reno, un insieme di stati tedeschi sotto l'influenza francese.
Per le terre ceche, la dissoluzione del Sacro Romano Impero segnò la fine di un'era, poiché l'Impero austriaco emerse come una nuova entità all'interno dell'Europa centrale. Questa ristrutturazione centralizzò ulteriormente il controllo asburgico, anche sul Regno di Boemia, e aumentò le tensioni sulla popolazione ceca a causa della coscrizione, della tassazione e delle richieste di risorse durante le campagne napoleoniche. Queste pressioni alimentarono il malcontento locale e influenzarono indirettamente la crescente consapevolezza dell’identità nazionale ceca, che in seguito avrebbe dato impulso alla rinascita nazionale ceca.