
Il periodo successivoalla Guerra dei Trent'anni viene spesso definito "l'età oscura" della storia ceca e va dalla metà del XVII secolo fino alla fine del XVIII secolo. Quest'epoca fu segnata dal consolidamento del potere degli Asburgo e dallo sradicamento sistematico del protestantesimo, in particolare dell'hussitismo, che aveva prosperato nella regione prima della guerra. Gli Asburgo applicarono severe misure di Controriforma , promuovendo l'ortodossia cattolica reprimendo il dissenso e limitando i diritti della nobiltà ceca, in gran parte protestante.
Nel 1663, la Moravia dovette affrontare un'invasione da parte di turchi e tartari ottomani , che portò alla cattura di circa 12.000 individui come schiavi. L'esercito asburgico rispose sotto il comando di Jean-Louis Raduit de Souches, ottenendo un certo successo contro gli ottomani rivendicando territori come Nitra e Levice. Una vittoria significativa nella battaglia del San Gottardo nel 1664 costrinse gli Ottomani a firmare la pace di Vasvár, che stabilizzò temporaneamente la regione per circa 20 anni.
Il regno di Leopoldo I (1656–1705) vide ulteriori azioni militari contro gli Ottomani, culminate in una campagna di successo che riportò parti dell'Ungheria sotto il controllo asburgico. Dopo il regno di Leopoldo, Giuseppe I (1705–1711) e Carlo VI (1711–1740) continuarono a destreggiarsi tra le complessità del governo asburgico su diversi territori.
Sotto l'imperatore Carlo VI, i domini asburgici si unificarono amministrativamente all'inizio del XVIII secolo, stabilendo leggi sulla successione ereditaria che consentirono a sua figlia Maria Teresa di ereditare il trono. L'unità imposta dagli Asburgo nelle terre ceche, tuttavia, continuò ad alienare la nobiltà locale e la popolazione di lingua ceca. Per molti cechi, la controriforma repressiva, il declino economico e la perdita di un’élite ceca autoctona segnarono quest’epoca come un’epoca di difficoltà e sottomissione culturale, ponendo le basi per i successivi movimenti nazionalisti cechi.
Nonostante l’ambiente opprimente, la cultura barocca cominciò a fiorire nelle terre ceche durante questo periodo e quell’epoca gettò le basi per future riforme sociali ed educative e per la futura ascesa del movimento nazionale ceco nel XIX secolo.