
La Cecoslovacchia affrontò notevoli sconvolgimenti durante la Seconda Guerra Mondiale , a cominciare dalla spartizione e dall'occupazione da parte della Germania nazista . Dopo che l'accordo di Monaco del 1938 obbligò la Cecoslovacchia a cedere i Sudeti alla Germania, una regione di confine a forte popolazione tedesca, le difese dello stato furono gravemente indebolite. Poco dopo, nel marzo 1939, la Wehrmacht tedesca invase il paese e Hitler dichiarò il protettorato di Boemia e Moravia, ponendo il resto delle terre ceche sotto il controllo tedesco. La Slovacchia si staccò come stato fantoccio separato e la Rutenia dei Carpazi fu annessa all'Ungheria .
Sotto il dominio nazista, l’industria ceca, in particolare gli stabilimenti Škoda, fu riorganizzata per supportare la macchina da guerra tedesca, producendo armi e forniture essenziali per l’esercito nazista. Molti cechi furono costretti a lavorare, sia in Germania che a livello locale, per sostenere l'occupazione. Furono attuate dure rappresaglie, con la morte di circa 300.000 cechi, principalmente ebrei. L'occupazione si intensificò nel 1942 dopo l'assassinio di Reinhard Heydrich, protettore ad interim del Reich e uno degli artefici dell'Olocausto, da parte dei combattenti della resistenza ceca. Per rappresaglia, le forze tedesche distrussero i villaggi di Lidice e Ležáky, uccidendo la maggior parte dei residenti.
Un governo ceco in esilio, guidato dall'ex presidente Edvard Beneš, operava da Londra, coordinando la resistenza e lavorando per il sostegno degli alleati. Nel 1942, il governo in esilio ottenne il riconoscimento e il ripudio dell’Accordo di Monaco. La resistenza all'interno della Cecoslovacchia comprendeva sia reti clandestine che gruppi partigiani armati, che intensificarono l'attività di guerriglia mentre la guerra continuava. Nel 1944, la rivolta nazionale slovacca cercò di rovesciare il governo slovacco allineato ai nazisti, ma alla fine fu soppressa.
La fine dell’occupazione nazista avvenne nel maggio 1945, quando le forze sovietiche liberarono Praga. Dopo la guerra ritornò il governo cecoslovacco ed Edvard Beneš firmò i decreti per l'espulsione della popolazione di etnia tedesca dalla Cecoslovacchia, portando alla deportazione forzata di milioni di persone. La Rutenia dei Precarpazi fu ceduta all'Unione Sovietica e la Cecoslovacchia del dopoguerra mirava a ristabilirsi come stato unificato, sebbene profondamente segnato dall'occupazione, dal conflitto e dalla divisione etnica.