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Nel 1608 Champlain fondò quella che oggi è Quebec City, uno dei primi insediamenti permanenti, che sarebbe diventata la capitale della Nuova Francia. Assunse l'amministrazione personale della città e dei suoi affari e inviò spedizioni per esplorare l'interno. Champlain divenne il primo europeo conosciuto a incontrare il lago Champlain nel 1609. Nel 1615, aveva viaggiato in canoa lungo il fiume Ottawa attraverso il lago Nipissing e la Georgian Bay fino al centro del paese degli Uroni vicino al lago Simcoe. Durante questi viaggi, Champlain aiutò i Wendat (aka "Uroni") nelle loro battaglie contro la Confederazione Irochese. Di conseguenza, gli Irochesi sarebbero diventati nemici dei francesi e sarebbero stati coinvolti in molteplici conflitti (noti come guerre francesi e irochesi) fino alla firma della Grande Pace di Montreal nel 1701.