
Nel 1534 il re Giovanni III del Portogallo concesse il Capitanato a Martim Afonso de Sousa, un ammiraglio portoghese. Sousa aveva fondato i primi due insediamenti portoghesi permanenti in Brasile nel 1532: São Vicente (vicino all'attuale porto di Santos) e Piratininga (che in seguito diventerà San Paolo). Sebbene divisi in due lotti - separati dal Capitanato di Santo Amaro - insieme questi territori formavano il Capitanato di São Vicente. Nel 1681 l'insediamento di San Paolo succedette a San Vicente come capitale del capitanato, e il nome originale di quest'ultimo cadde gradualmente in disuso. São Vicente divenne l'unico capitanato a fiorire nella colonia portoghese meridionale del Brasile. Alla fine diede origine allo stato di San Paolo e fornì la base ai Bandeirantes per espandere l'America portoghese a ovest della linea Tordesilhas.