
LaGuerra dei Trent'anni (1618–1648) segnò un periodo cruciale per le ambizioni e le eccellenze degli Asburgo, principalmente sotto il governo dell'imperatore Ferdinando II (1619–1637) e successivamente di suo figlio, Ferdinando III (1637–1657). L'ascensione di Ferdinando II portò un'ondata di fervente riforma cattolica, scatenando intensi conflitti volti a invertire il protestantesimo non solo nelle terre ereditarie degli Asburgo ma in tutto il Sacro Romano Impero. Le sue rigide politiche, incluso l'Editto di Restituzione del 1629, cercarono di ripristinare il dominio cattolico e rivendicare le proprietà perse dopo la Pace di Augusta del 1555. Tuttavia, queste misure intransigenti hanno intensificato le tensioni in tutta Europa, trasformando un conflitto interno in una guerra a livello continentale.
Le politiche di Ferdinando portarono a gravi contraccolpi, in particolare innescando la rivolta boema nel 1618 e creando una lotta polarizzata che presto attirò Danimarca , Svezia e Francia sul lato protestante, ciascuna con i propri interessi. Le prime vittorie cattoliche rafforzarono la fiducia di Ferdinando, provocando gravi repressioni come la lotteria di Frankenburg, la repressione della rivolta dei contadini nel 1626 e la devastazione di Magdeburgo nel 1631. Queste dure tattiche intensificarono la resistenza protestante e prolungarono la guerra, compromettendo infine l'obiettivo degli Asburgo. di riaffermare il controllo sull’Impero. Nel 1635, i conflitti interni e l'intervento di potenze straniere resero impossibile realizzare gli obiettivi asburgici di dominio religioso e politico.
Quando Ferdinando II morì nel 1637, suo figlio Ferdinando III, un leader più pragmatico, ereditò uno sforzo bellico in declino. Conosciuto per il suo sostegno agli sforzi di pace, supervisionò la Pace di Praga nel 1635 e, infine, la Pace di Vestfalia nel 1648. Questo trattato pose effettivamente fine alla Guerra dei Trent'anni, assicurando la pace in Europa ma infliggendo un duro colpo all'influenza asburgica. Il trattato conferiva una sostanziale autonomia agli stati tedeschi, limitando drasticamente il potere imperiale e creando un precedente per la sovranità degli stati europei. Questo cambiamento di equilibrio pose fine a ogni speranza realistica di egemonia asburgica, diminuendo l'influenza del Sacro Romano Impero sull'Europa centrale.
La guerra lasciò un segno indelebile nei territori asburgici. Mentre le campagne anti-protestanti di Ferdinando II avevano imposto con successo il cattolicesimo in Austria, Boemia e altri territori, i suoi metodi assolutisti alienarono i sudditi e portarono al declino demografico ed economico. La distruzione causata dalle continue campagne militari e dal movimento incessante degli eserciti mercenari ha devastato la popolazione, provocando significative perdite di vite umane, in particolare nei Länder tedeschi, dove il tasso di mortalità dei civili può aver raggiunto il 50%. L’incessante ricerca di cibo, la scarsità di cibo e la diffusione delle malattie crearono difficoltà durature, approfondendo le spaccature sociali ed economiche lasciate dalla guerra.
Dopo la guerra, l'Austria emerse sotto una monarchia cattolica barocca rafforzata che simboleggiava l'autorità asburgica e l'unità tra Stato e Chiesa, anche se a caro prezzo. La cultura, la lingua e le istituzioni austriache furono rimodellate in un'immagine tedesco-cattolica, sopprimendo le tradizioni boeme e ceche. Tuttavia, l’Austria dovette affrontare un indebolimento finanziario e demografico, e questo, combinato con l’erosione del potere centrale all’interno del Sacro Romano Impero, impedì all’Austria di diventare una forza europea dominante, nonostante il suo rafforzato controllo sulle proprie terre. Il Trattato di Vestfalia segnò un nuovo panorama politico che avrebbe definito la politica europea per secoli, con gli Asburgo sempre più concentrati sui loro domini interni piuttosto che sul governo universale.