Setelah kekalahan pasukan yang setia kepada Keshogunan Tokugawa selama Perang Boshin pada tahun 1868, pemerintah Meiji yang baru menyita semua tanah yang sebelumnya berada di bawah kendali langsung Keshogunan (tenryō) dan tanah yang dikuasai oleh daimyo yang tetap setia pada tujuan Tokugawa.Tanah-tanah ini mencakup kira-kira seperempat dari luas tanah Jepang dan ditata ulang menjadi prefektur dengan gubernur yang ditunjuk langsung oleh pemerintah pusat.Fase kedua dalam penghapusan han terjadi pada tahun 1869. Gerakan ini dipelopori oleh Kido Takayoshi dari Domain Chōshū, dengan dukungan bangsawan istana Iwakura Tomomi dan Sanjō Sanetomi.Kido membujuk penguasa Chōshū dan Satsuma, dua domain utama dalam penggulingan Tokugawa, untuk secara sukarela menyerahkan domain mereka kepada Kaisar.Antara 25 Juli 1869, dan 2 Agustus 1869, karena takut kesetiaan mereka akan dipertanyakan, para daimyo dari 260 domain lainnya mengikuti.Hanya 14 domain yang pada awalnya gagal untuk mematuhi pengembalian domain secara sukarela, dan kemudian diperintahkan untuk melakukannya oleh Pengadilan, di bawah ancaman aksi militer.Sebagai imbalan atas penyerahan otoritas turun-temurun mereka kepada pemerintah pusat, para daimyo diangkat kembali sebagai gubernur non-turun-temurun di bekas domain mereka (yang kemudian diganti namanya menjadi prefektur), dan diizinkan untuk menyimpan sepuluh persen dari pendapatan pajak, berdasarkan jumlah sebenarnya. produksi beras (yang lebih besar dari produksi beras nominal yang menjadi dasar kewajiban feodal mereka di bawah Keshogunan).Istilah daimyo juga dihapuskan pada Juli 1869, dengan pembentukan sistem gelar kebangsawanan kazoku.Pada bulan Agustus 1871, Okubo, dibantu oleh Saigō Takamori, Kido Takayoshi, Iwakura Tomomi, dan Yamagata Aritomo memaksa melalui Dekrit Kekaisaran yang mengatur kembali 261 domain bekas feodal yang bertahan menjadi tiga prefektur perkotaan (fu) dan 302 prefektur (ken).Jumlah tersebut kemudian dikurangi melalui konsolidasi pada tahun berikutnya menjadi tiga prefektur perkotaan dan 72 prefektur, dan kemudian menjadi tiga prefektur perkotaan dan 44 prefektur saat ini pada tahun 1888.