Meskipun dinasti asli Bagratuni didirikan dalam keadaan yang menguntungkan, sistem feodal secara bertahap melemahkan negara dengan mengikis loyalitas kepada pemerintah pusat.Dengan demikian lemah secara internal, Armenia terbukti menjadi korban yang mudah bagi Bizantium, yang merebut Ani pada tahun 1045. Dinasti Seljuk di bawah Alp Arslan pada gilirannya merebut kota itu pada tahun 1064.Pada tahun 1071, setelah kekalahan pasukan Bizantium oleh Turki Seljuk pada Pertempuran Manzikert, Turki merebut sisa Armenia Besar dan sebagian besar Anatolia.Maka berakhirlah kepemimpinan Kristen di Armenia untuk milenium berikutnya dengan pengecualian pada periode akhir abad ke-12 hingga awal abad ke-13, ketika kekuatan Muslim di Armenia Besar sangat terganggu oleh kebangkitan kembali Kerajaan Georgia.Banyak bangsawan lokal (nakharar) bergabung dengan upaya mereka dengan orang Georgia, yang mengarah pada pembebasan beberapa daerah di Armenia utara, yang diperintah, di bawah otoritas mahkota Georgia, oleh Zakarids-Mkhargrzeli, keluarga bangsawan terkemuka Armeno-Georgia.