क्रुसेडर्स ने अप्रैल 1097 के अंत में कॉन्स्टेंटिनोपल छोड़ना शुरू कर दिया। बोउलॉन के गॉडफ्रे निकिया पहुंचने वाले पहले व्यक्ति थे, उनके बाद टारंटो के बोहेमोंड, बोहेमोंड के भतीजे टेंक्रेड, टूलूज़ के रेमंड चतुर्थ और फ़्लैंडर्स के रॉबर्ट द्वितीय, पीटर के साथ थे। हर्मिट और पीपुल्स क्रूसेड के कुछ बचे हुए लोग, और मैनुअल बाउटौमाइट्स के तहत एक छोटी
बीजान्टिन सेना।वे 6 मई को पहुंचे, उनके पास भोजन की भारी कमी थी, लेकिन बोहेमोंड ने ज़मीन और समुद्र के रास्ते भोजन लाने की व्यवस्था की।उन्होंने 14 मई से शहर की घेराबंदी शुरू कर दी और अपनी सेना को दीवारों के विभिन्न हिस्सों में तैनात कर दिया, जो 200 टावरों के साथ अच्छी तरह से सुरक्षित था।बोहेमोंड ने शहर के उत्तर की ओर, गॉडफ्रे ने दक्षिण में, और रेमंड और ले पुय के एडेमार ने पूर्वी द्वार पर डेरा डाला।16 मई को तुर्की के रक्षक क्रूसेडरों पर हमला करने के लिए निकले, लेकिन 200 लोगों की हानि के साथ
तुर्क एक झड़प में हार गए।तुर्कों ने किलिज अर्सलान को संदेश भेजकर वापस लौटने के लिए विनती की, और जब उसे क्रूसेडरों की ताकत का एहसास हुआ तो वह तुरंत वापस लौट आया।20 मई को फ़्लैंडर्स के रेमंड और रॉबर्ट द्वितीय के नेतृत्व में सैनिकों द्वारा एक अग्रिम पार्टी को हराया गया था, और 21 मई को क्रूसेडर सेना ने एक घमासान लड़ाई में किलिज को हराया जो रात तक चली।दोनों पक्षों को भारी नुकसान हुआ, लेकिन अंत में निकेयन तुर्कों की अपील के बावजूद सुल्तान पीछे हट गया।बाकी क्रूसेडर्स मई के बाकी दिनों में पहुंचे, रॉबर्ट कर्थोस और ब्लोइस के स्टीफन जून की शुरुआत में पहुंचे।इस बीच, रेमंड और अधेमर ने एक बड़ा घेराबंदी इंजन बनाया, जिसे दीवारों पर रक्षकों को शामिल करने के लिए गोनाटस टॉवर तक ले जाया गया, जबकि खनिक नीचे से टॉवर पर खनन कर रहे थे।टावर क्षतिग्रस्त हो गया लेकिन आगे कोई प्रगति नहीं हुई।बीजान्टिन सम्राट एलेक्सियोस प्रथम ने क्रूसेडर्स के साथ नहीं जाने का फैसला किया, लेकिन उनके पीछे मार्च किया और पास के पेलेकनम में अपना शिविर बनाया।वहां से, उसने क्रूसेडर्स को एस्कैनियस झील की नाकाबंदी में मदद करने के लिए, जमीन पर लुढ़की नावें भेजीं, जिनका उपयोग अब तक तुर्कों द्वारा निकिया को भोजन की आपूर्ति करने के लिए किया जाता था।मैनुअल बाउटौमाइट्स की कमान के तहत, नावें 17 जून को पहुंचीं।2,000 पैदल सैनिकों के साथ जनरल टाटिकिओस को भी भेजा गया था।एलेक्सियोस ने बाउटौमाइट्स को क्रुसेडर्स की जानकारी के बिना गुप्त रूप से शहर के आत्मसमर्पण के लिए बातचीत करने का निर्देश दिया था।टाटिकिओस को क्रुसेडर्स के साथ जुड़ने और दीवारों पर सीधा हमला करने का निर्देश दिया गया था, जबकि बाउटौमाइट्स ने ऐसा करने का नाटक किया था ताकि ऐसा लगे जैसे बीजान्टिन ने युद्ध में शहर पर कब्जा कर लिया है।ऐसा किया गया, और 19 जून को तुर्कों ने बाउटौमाइट्स के सामने आत्मसमर्पण कर दिया।जब क्रुसेडर्स को पता चला कि एलेक्सियोस ने क्या किया है, तो वे काफी क्रोधित हुए, क्योंकि उन्हें पैसे और आपूर्ति के लिए शहर को लूटने की उम्मीद थी।हालाँकि, बाउटौमाइट्स को निकिया का डुक्स नाम दिया गया था और क्रूसेडर्स को एक समय में 10 पुरुषों से बड़े समूहों में प्रवेश करने से मना किया गया था।बाउटौमाइट्स ने तुर्की जनरलों को भी निष्कासित कर दिया, जिन्हें वह अविश्वसनीय मानता था।किलिज अर्सलान का परिवार कॉन्स्टेंटिनोपल चला गया और अंततः उन्हें फिरौती के बिना रिहा कर दिया गया।एलेक्सियोस ने क्रूसेडर्स को पैसे, घोड़े और अन्य उपहार दिए, लेकिन क्रूसेडर इससे खुश नहीं थे, उनका मानना था कि अगर उन्होंने खुद निकिया पर कब्जा कर लिया होता तो उनके पास और भी अधिक हो सकता था।बाउटौमाइट्स ने उन्हें तब तक जाने की अनुमति नहीं दी जब तक कि वे सभी एलेक्सियोस को गुलामी की शपथ नहीं दिला देते, अगर उन्होंने अभी तक कॉन्स्टेंटिनोपल में ऐसा नहीं किया होता।जैसा कि उन्होंने कॉन्स्टेंटिनोपल में किया था, टेंक्रेड ने पहले तो इनकार कर दिया, लेकिन अंततः उन्होंने हार मान ली।क्रुसेडर्स ने 26 जून को दो टुकड़ियों में निकिया छोड़ दिया: बोहेमोंड, टेंक्रेड, फ़्लैंडर्स के रॉबर्ट द्वितीय, और मोहरा में टैटिकियोस, और पीछे में गॉडफ्रे, बोलोग्ने के बाल्डविन, स्टीफन और वर्मांडो के ह्यूग।टाटिकिओस को कब्जे वाले शहरों की साम्राज्य में वापसी सुनिश्चित करने का निर्देश दिया गया था।उनका उत्साह ऊंचा था, और स्टीफन ने अपनी पत्नी एडेला को लिखा कि उन्हें पांच सप्ताह में यरूशलेम में होने की उम्मीद है।