Les croisés commencèrent à quitter Constantinople fin avril 1097. Godefroid de Bouillon fut le premier à arriver à Nicée, avec Bohémond de Tarente, le neveu de Bohémond Tancrède, Raymond IV de Toulouse et Robert II de Flandre le suivant, avec Pierre le Ermite et certains des survivants de la croisade populaire, et une petite force
byzantine sous Manuel Boutoumites.Ils sont arrivés le 6 mai, gravement à court de nourriture, mais Bohémond s'est arrangé pour que la nourriture soit apportée par terre et par mer.Ils ont assiégé la ville à partir du 14 mai, affectant leurs forces à différentes sections des murs, qui étaient bien défendus avec 200 tours.Bohémond campa au nord de la ville, Godfrey au sud, et Raymond et Adhémar du Puy à la porte orientale.Le 16 mai, les défenseurs turcs sont sortis pour attaquer les croisés, mais les
Turcs ont été vaincus dans une escarmouche avec la perte de 200 hommes.Les Turcs ont envoyé des messages à Kilij Arslan le suppliant de revenir, et quand il a réalisé la force des croisés, il a rapidement fait demi-tour.Un groupe avancé a été vaincu par les troupes sous Raymond et Robert II de Flandre le 20 mai, et le 21 mai, l'armée des croisés a vaincu Kilij dans une bataille rangée qui a duré longtemps dans la nuit.Les pertes ont été lourdes des deux côtés, mais à la fin le sultan s'est retiré malgré les supplications des Turcs de Nicée.Le reste des croisés est arrivé pendant le reste du mois de mai, Robert Curthose et Stephen de Blois arrivant début juin.Pendant ce temps, Raymond et Adhemar ont construit un grand moteur de siège, qui a été enroulé jusqu'à la tour Gonatas afin d'engager les défenseurs sur les murs pendant que les mineurs minaient la tour par le bas.La tour a été endommagée mais aucun autre progrès n'a été réalisé.L'empereur byzantin Alexios I a choisi de ne pas accompagner les croisés, mais a marché derrière eux et a établi son camp à proximité de Pelecanum.De là, il envoya des bateaux, roulés sur la terre, pour aider les croisés à bloquer le lac Ascanius, qui avait jusqu'alors été utilisé par les Turcs pour approvisionner Nicée en nourriture.Les bateaux sont arrivés le 17 juin, sous le commandement de Manuel Boutoumites.Le général Tatikios a également été envoyé, avec 2 000 fantassins.Alexios avait chargé les Boutoumites de négocier secrètement la reddition de la ville à l'insu des croisés.Tatikios a été chargé de se joindre aux croisés et de faire un assaut direct sur les murs, tandis que les Boutoumites prétendraient faire de même pour donner l'impression que les Byzantins avaient capturé la ville au combat.Ce fut fait, et le 19 juin les Turcs se rendirent aux Boutoumites.Lorsque les croisés ont découvert ce qu'Alexios avait fait, ils étaient très en colère, car ils avaient espéré piller la ville pour de l'argent et des fournitures.Boutoumites, cependant, a été nommé dux de Nicée et a interdit aux croisés d'entrer en groupes de plus de 10 hommes à la fois.Boutoumites a également expulsé les généraux turcs, qu'il considérait tout aussi indignes de confiance.La famille de Kilij Arslan est allée à Constantinople et a finalement été libérée sans rançon.Alexios a donné aux croisés de l'argent, des chevaux et d'autres cadeaux, mais les croisés n'étaient pas satisfaits de cela, estimant qu'ils auraient pu en avoir encore plus s'ils avaient capturé Nicée eux-mêmes.Les boutoumites ne leur permettraient pas de partir tant qu'ils n'auraient pas tous prêté serment de vassalité à Alexios, s'ils ne l'avaient pas encore fait à Constantinople.Comme il l'avait fait à Constantinople, Tancrède a d'abord refusé, mais il a fini par céder.Les croisés quittèrent Nicée le 26 juin en deux contingents : Bohémond, Tancrède, Robert II de Flandre et Tatikios à l'avant-garde, et Godefroid, Baudouin de Boulogne, Étienne et Hugues de Vermandois à l'arrière.Tatikios a été chargé d'assurer le retour des villes capturées à l'empire.Leur moral était bon et Étienne écrivit à sa femme Adela qu'ils s'attendaient à être à Jérusalem dans cinq semaines.