Los cruzados comenzaron a abandonar Constantinopla a fines de abril de 1097. Godofredo de Bouillon fue el primero en llegar a Nicea, seguido de Bohemundo de Taranto, el sobrino de Bohemundo, Tancredo, Raimundo IV de Tolosa y Roberto II de Flandes, junto con Pedro el Ermitaño y algunos de los supervivientes de la Cruzada del Pueblo, y una pequeña fuerza
bizantina al mando de Manuel Boutoumites.Llegaron el 6 de mayo, con una grave escasez de alimentos, pero Bohemundo dispuso que se trajeran alimentos por tierra y por mar.Asediaron la ciudad a partir del 14 de mayo, distribuyendo sus fuerzas en diferentes tramos de la muralla, que estaba bien defendida con 200 torres.Bohemundo acampó en el lado norte de la ciudad, Godfrey en el sur y Raymond y Adhemar de Le Puy en la puerta este.El 16 de mayo, los defensores turcos salieron a atacar a los cruzados, pero los
turcos fueron derrotados en una escaramuza con la pérdida de 200 hombres.Los turcos enviaron mensajes a Kilij Arslan rogándole que regresara, y cuando se dio cuenta de la fuerza de los cruzados, rápidamente se dio la vuelta.Un grupo de avanzada fue derrotado por las tropas al mando de Raimundo y Roberto II de Flandes el 20 de mayo, y el 21 de mayo el ejército cruzado derrotó a Kilij en una batalla campal que duró hasta bien entrada la noche.Las pérdidas fueron grandes en ambos lados, pero al final el sultán se retiró a pesar de las súplicas de los turcos de Nicea.El resto de los cruzados llegaron durante el resto de mayo, con Robert Curthose y Stephen de Blois llegando a principios de junio.Mientras tanto, Raymond y Adhemar construyeron una gran máquina de asedio, que se subió a la Torre Gonatas para enfrentarse a los defensores en las paredes mientras los mineros minaban la torre desde abajo.La torre resultó dañada pero no se hicieron más progresos.El emperador bizantino Alexios I optó por no acompañar a los cruzados, sino que marchó detrás de ellos y acampó en la cercana Pelecanum.Desde allí, envió barcos, rodando por la tierra, para ayudar a los cruzados a bloquear el lago Ascanio, que hasta ese momento había sido utilizado por los turcos para abastecer de alimentos a Nicea.Los barcos llegaron el 17 de junio, al mando de Manuel Boutoumites.También fue enviado el general Tatikios, con 2.000 soldados de infantería.Alexios había dado instrucciones a Boutoumites para negociar en secreto la rendición de la ciudad sin el conocimiento de los cruzados.Tatikios recibió instrucciones de unirse a los cruzados y atacar directamente las murallas, mientras que Boutoumites fingía hacer lo mismo para que pareciera que los bizantinos habían capturado la ciudad en la batalla.Así se hizo, y el 19 de junio los turcos se rindieron a Boutoumites.Cuando los cruzados descubrieron lo que había hecho Alejo, se enojaron bastante, ya que esperaban saquear la ciudad en busca de dinero y suministros.Boutoumites, sin embargo, fue nombrado dux de Nicea y prohibió a los cruzados entrar en grupos de más de 10 hombres a la vez.Boutoumites también expulsó a los generales turcos, a quienes consideraba igualmente poco confiables.La familia de Kilij Arslan fue a Constantinopla y finalmente fue liberada sin rescate.Alexios les dio a los cruzados dinero, caballos y otros obsequios, pero los cruzados no estaban contentos con esto, creyendo que podrían haber tenido aún más si hubieran capturado Nicea ellos mismos.Los boutoumitas no les permitirían partir hasta que todos hubieran hecho un juramento de vasallaje a Alejo, si es que aún no lo habían hecho en Constantinopla.Como lo había hecho en Constantinopla, Tancredo al principio se negó, pero finalmente cedió.Los cruzados partieron de Nicea el 26 de junio en dos contingentes: Bohemundo, Tancredo, Roberto II de Flandes y Taticio en la vanguardia, y Godofredo, Balduino de Boulogne, Esteban y Hugo de Vermandois en la retaguardia.Tatikios recibió instrucciones de garantizar el regreso de las ciudades capturadas al imperio.Estaban muy animados, y Stephen le escribió a su esposa Adela que esperaban estar en Jerusalén en cinco semanas.