Stejně jako většina moderních japonských institucí byla Bank of Japan založena po restaurování Meidži. Před restaurováním vydávala všechna japonská feudální léna své vlastní peníze, hansatsu, v řadě neslučitelných denominací, ale zákon o nové měně z Meiji 4 (1871) je odstranil a zavedl jen jako novou desetinnou měnu, která měla parita s mexickým stříbrným dolarem. Z bývalých han (léna) se staly prefektury a jejich mincovny se staly soukromými autorizovanými bankami, které si však zpočátku ponechaly právo tisknout peníze. Po nějakou dobu jak centrální vláda, tak tyto takzvané „národní“ banky vydávaly peníze. Období neočekávaných důsledků skončilo založením Bank of Japan v Meiji 15 (10. října 1882) podle zákona Bank of Japan z roku 1882 (27. června 1882), podle belgického vzoru. Toto období skončilo, když byla v roce 1882 založena centrální banka – Bank of Japan – podle belgického vzoru. Od té doby je částečně v soukromém vlastnictví. Národní banka získala monopol na kontrolu peněžní zásoby v roce 1884 a v roce 1904 byly všechny dříve vydané bankovky vyřazeny. Banka začala se stříbrným standardem, ale v roce 1897 přijala zlatý standard.
V roce 1871 skupina japonských politiků známá jako mise Iwakura cestovala Evropou a USA, aby se naučila západní způsoby. Výsledkem byla záměrná státem vedená industrializační politika, která umožnila Japonsku rychle dohnat zamezení. Bank of Japan použila daně k financování modelových ocelářských a textilních továren.