Po porážce sil loajálních k šógunátu Tokugawa během války o Boshin v roce 1868 nová vláda Meidži zabavila všechny země dříve pod přímou kontrolou šógunátu (tenryō) a země ovládané daimyos, kteří zůstali loajální k věci Tokugawa. Tyto země představovaly přibližně čtvrtinu rozlohyJaponska a byly reorganizovány na prefektury s guvernéry jmenovanými přímo ústřední vládou.
Druhá fáze zrušení hanu přišla v roce 1869. V čele hnutí stál Kido Takayoshi z domény Chōshū s podporou dvorních šlechticů Iwakura Tomomi a Sanjō Sanetomi. Kido přesvědčil pány z Chōshū a Satsuma, dvou předních domén při svržení Tokugawy, aby dobrovolně odevzdali své domény císaři. Mezi 25. červencem 1869 a 2. srpnem 1869, ze strachu, že jejich loajalita bude zpochybněna, následovali daimyové z 260 dalších domén. Pouze 14 domén zpočátku dobrovolně nevyhovělo vrácení domén a poté jim to pod hrozbou vojenské akce nařídil soud.
Na oplátku za to, že se vzdali své dědičné pravomoci ústřední vládě, byli daimjové znovu jmenováni nedědičnými guvernéry svých bývalých domén (které byly přejmenovány na prefektury) a bylo jim dovoleno ponechat si deset procent daňových příjmů na základě skutečných produkce rýže (která byla větší než nominální produkce rýže, na níž byly dříve založeny jejich feudální závazky v rámci šógunátu).
Termín daimyō byl také zrušen v červenci 1869 s vytvořením šlechtického systému kazoku. V srpnu 1871 si Okubo za pomoci Saigō Takamoriho, Kido Takayoshi, Iwakura Tomomi a Yamagata Aritomo prosadil imperiální edikt, který reorganizoval 261 přeživších bývalých feudálních domén na tři městské prefektury (fu) a 302 prefektur (ken). Počet se pak konsolidací v následujícím roce snížil na tři městské prefektury a 72 prefektur a později na současné tři městské prefektury a 44 prefektur do roku 1888.