Založení Stockholmu, i když je opředeno mýty, je typicky umístěno kolem poloviny 13. století. Jméno „Stockholm“ se poprvé objevuje v dopisech napsaných Birgerem Jarlem a králem Valdemarem v roce 1252, což naznačuje, že v té době již město mělo nějaký význam. Jedna běžná legenda ze 17. století tvrdí, že místo bylo určeno kládou, svázanou zlatem, posílanou z vikingské osady Birka, která nakonec přistála v dnešním Riddarholmenu. I když to není podloženo historickými důkazy, odráží to význam jezera Mälaren a jeho okolního regionu v příběhu původu Stockholmu.
Mapa Stockholmu v roce 1547. @ Anonymní
Ustálenější teorie je, že jméno "Stockholm", což znamená "Log-Ostrůvek", pochází z klád zaražených do vody v průlivu severně od dnešního Starého Města. Tyto stavby, datované kolem roku 1000, pravděpodobně sloužily jako rané opevnění. Strategická poloha Stockholmu na soutoku jezera Mälaren a Baltského moře z něj udělala ideální centrum pro obchod a obranu. Němečtí obchodníci, které pozval Birger Jarl, sehráli klíčovou roli v jeho raném rozvoji a pomohli Stockholmu vyrůst v největší švédské město koncem 13. století.
Stockholm se rychle stal politickým a ekonomickým centrem Švédska, i když to nebylo formální hlavní město v moderním smyslu až později. Na konci středověku si Stockholm upevnil své místo klíčového města ve Švédsku, úzce spjatého s královským dvorem a správou země, čímž položil základy své budoucí role národního hlavního města.