
Koncem 12. století bylo Lotyšsko stále více navštěvováno obchodníky ze západní Evropy, zejména Němci , kteří cestovali podél řeky Daugava za obchodem s Kyjevskou Rusí . Mnoho z těchto obchodníků přivedlo křesťanské misionáře , aby obrátili baltské a finské národy, včetně Livonců, kteří žili podél břehů řeky. Místní obyvatelé se však těmto snahám, zejména obřadu křtu, bránili, což přimělo papeže Celestina III. v roce 1195, aby vyzval ke křížové výpravě s cílem násilně obrátit pohany.
Počátkem 80. let 12. století začal svatý Meinhard kázat mezi Livonci, ale jeho poslání se nepodařilo získat široké přijetí. Jeho nástupce, biskup Berthold z Hannoveru, se také snažil konvertovat obyvatelstvo a byl zabit Livonci v roce 1198. V roce 1199 dorazil Bertholdův náhradník, biskup Albert z Rigy, s podporou vojenských posil. Albert strávil téměř 30 let vedením kampaní, aby si podmanil místní kmeny a vytvořil německou nadvládu v regionu. V roce 1201 založil město Riga, které se rozrostlo ve významný baltský přístav a stalo se centrem německé moci.
Na podporu dobytí byl v roce 1202 založen Řád livonských bratří meče. Křižáci si do roku 1207 Livonce rychle podmanili, převedli je a jejich území dostali pod německou kontrolu. Ve stejné době byla pod přímou autoritou papeže vyhlášena Terra Mariana, křesťanský stát zahrnující moderní Lotyšsko a Estonsko . Do roku 1214 byla také dobyta většina latgalských území, včetně knížectví Jersika. Vládce Jersiky, Visvaldis, byl poražen a donucen přijmout německou nadvládu, přičemž si jako vazal ponechal pouze část své země.

Středověké Livonsko. © Termer
V průběhu dalších desetiletí křižáci systematicky rozšiřovali svá dobyvatelství. V roce 1224 byla latgalská knížectví Tālava a Adzele rozdělena mezi biskupa z Rigy a Bratry Meče. Mezitím Kuronci a Semigallijci zuřivě odolávali německým nájezdům. Curonians a Semigallians, vedl o náčelníky jako Viestards, se spojil s Litevci oponovat křižáky.
V roce 1236 utrpěli křižáci katastrofální porážku z rukou Samogitianů a Semigallianů v bitvě u Saule. Ztráta bratry Meče téměř zničila a donutila je spojit se s mocnějším Řádem německých rytířů a v roce 1237 se stal Livonským řádem. Přes jejich neúspěchy křižáci obnovili svá tažení. V roce 1245 byla velká část Kurlandu dobyta, přičemž pevnosti jako Kuldīga sloužily jako centra německé kontroly.
Semigalané pokračovali ve svém odporu déle než většina kmenů. V roce 1279 pod vedením vévody Nameisis zahájili velké povstání a spojili se s litevskými silami, aby porazili Livonský řád v bitvě u Aizkraukle. Semigalliáni se dokonce pokusili dobýt Rigu v roce 1280, ačkoli byli nakonec neúspěšní. Německé síly odpověděly obléháním hradu Turaida a budováním nových pevností, jako je Heiligenberg, aby se upevnily. Poslední semigalská hradiště padla v letech 1289–1290 a mnoho semigalských válečníků uprchlo do Litvy, což znamenalo konec jejich nezávislosti.
Koncem 13. století byly všechny hlavní pobaltské kmeny v Lotyšsku – Livonci, Latgalové, Seloňané, Kuronci a Semigalané – dobyty. Němečtí osadníci zavedli nové politické a ekonomické struktury, integrující region do širšího křesťanského světa pod německou vládou. Dobytí Lotyšska bylo součástí větších severních křížových výprav, jejichž cílem bylo christianizovat pohanské národy kolem Baltského moře. Ačkoli kampaně přinesly do regionu křesťanství a obchodní sítě, znamenaly také konec autonomních kmenových společností a začátek staletí německé nadvlády v Lotyšsku.