
Sovětská okupace (1940–1941)
Na základě paktu Molotov-Ribbentrop z roku 1939 bylo Lotyšsko přiděleno do sovětské sféry vlivu. Lotyšsko, které bylo nuceno přijmout sovětsko-lotyšskou smlouvu o vzájemné pomoci, umožnilo na své území 25 000 sovětských vojáků. V červnu 1940 vydal Sovětský svaz ultimátum a 17. června bez odporu Lotyšsko obsadil. Zmanipulované volby v červenci vedly k formální anexi Lotyšska k Sovětskému svazu jako Lotyšské sovětské socialistické republice 5. srpna 1940.
Sovětský režim rychle eliminoval opozici. Ve dnech 13.–14. června 1941 bylo na Sibiř deportováno přes 15 000 Lotyšů, včetně politických osobností, intelektuálů a jejich rodin. V prvním roce okupace bylo deportováno kolem 35 000 lidí, což destabilizovalo lotyšskou společnost. Plány na další deportace přerušila nacistická invaze.
Nacistická okupace (1941–1944)
V červnu 1941 nacistické Německo napadlo Sovětský svaz a 1. července 1941 dobylo Rigu. Německá okupace rozložila sovětské struktury, ale zavedla vlastní represivní politiku. Nacističtí představitelé se snažili získat místní kolaboranty a brance a vytvořili dvě divize lotyšských jednotek Waffen-SS na podporu německého válečného úsilí.
Souběžně s vojenskou spoluprací se vyvíjel odpor proti nacistické nadvládě. Někteří Lotyši vstoupili do Lotyšské ústřední rady, která usilovala o obnovení nezávislosti, jiní se přidali k prosovětským partyzánským jednotkám, operujícím se sovětskou podporou. Nacisté plánovali poněmčení Pobaltí a využili místní pracovní síly k zajištění regionu pro budoucí expanzi.
Dvojí okupace zdevastovala Lotyšsko. Desetitisíce lidí byly deportovány, popraveny nebo odvedeny do cizích armád. Sovětský a nacistický režim zanechal lotyšskou ekonomiku a infrastrukturu vážně poškozenou. Města, farmy a továrny byly zničeny nebo přeměněny na válku. Konflikt také prohloubil vnitřní rozpory, na všech stranách se objevovaly frakce – ty kolaborující s okupačními mocnostmi, ty bojující za nezávislost a ty, které podporovaly sovětské zájmy. Lotyšsko by čelilo obnovené sovětské okupaci v roce 1944, když Rudá armáda postupovala na západ, což by znamenalo konec nacistického režimu, ale nastolilo další éru represí.
Sovětský svaz znovu získal Lotyšsko
V roce 1944, když sovětská Rudá armáda postupovala na západ, propukly na lotyšském území intenzivní boje mezi německými a sovětskými silami. Riga byla znovu dobyta Rudou armádou 13. října 1944, ačkoli Courland Pocket, kde se německé síly a lotyšští branci naposledy postavili, vydržela až do 9. května 1945. Tento prodloužený odpor zdržel úplné sovětské převzetí moci, ale nezpůsobil to. zabránit případné okupaci Lotyšska.
Němci i Sověti odváděli Lotyše do svých armád během války, což způsobilo značné lidské ztráty. Lotyši se ocitli rozděleni, někteří bojovali po boku německé armády, zatímco jiní byli naverbováni nebo donuceni sloužit v sovětských silách.
Když Sověti v roce 1944 znovu získali kontrolu, asi 160 000 Lotyšů uprchlo do Německa a Švédska, aby se vyhnuli sovětským odvetným opatřením. Ve stejné době se někteří Lotyši, kteří dříve podporovali bolševiky, rozhodli zůstat v sovětském Rusku, kde nadále zastávali vlivné pozice v komunistické straně.