Po smrti Sulejmana Nádherného v roce 1566 jeho nástupci, počínaje Selimem II., představovali pro Evropu menší přímou hrozbu. Selimova vláda byla pozoruhodná osmanským vítězstvím na Kypru, ale jinak znamenala oslabení vojenského zaměření. V době, kdy Murad III převzal moc, byli Osmané sužováni vnitřními problémy a čelili značnému odporu v Evropě, včetně Habsburků v Rakousku. Tento posun by připravil půdu pro řadu konfliktů, které, i když byly zuřivé, postupně vychýlily rovnováhu z osmanské expanze směrem k rakouskému oživení.
Rané konflikty: Bitva o Sisak a obnovená válka
V 90. letech 16. století, za vlády Mehmeda III., se Osmané pokusili znovu získat postavení proti evropským silám, ale narazili na značné překážky. Rakušané měli technologický a taktický pokrok, kterému se Osmané snažili vyrovnat. V bitvě u Sisaku v roce 1593 například habsburské síly porazily osmanské nájezdníky, což znamenalo posun v dynamice moci v Chorvatsku. Rozzuřený velkovezír Sinan Pasha vedl 13 000 janičářů na maďarská území, ale nakonec Osmané dosáhli jen o málo více než jen dočasné opěrné body, omezené logistickými problémy a vnitřními neshody.
Dlouhá válka a křesťanský odpor
Období známé jako „Dlouhá turecká válka“ nebo „Třináctiletá válka“ (1593–1606) přivedlo Rakousko a jeho křesťanské spojence do dlouhodobého konfliktu s Osmany. Křesťanská koalice, podporovaná bývalými osmanskými vazalskými státy jako Valašsko , Moldavsko a Transylvánie, dokázala získat zpět četné pevnosti podél řeky Dunaj, přičemž valašský princ Michael Statečný dobyl strategické osmanské pevnosti a ohrožoval osmanské území až na jih od Adrianopole. Navzdory počátečním osmanským vítězstvím tyto bitvy vyčerpávaly říši, jejíž vůdci čelili neustálým výzvám jak na frontě, tak v rámci janičářského sboru.
V bitvě u Keresztes v roce 1596 Osmané na chvíli znovu získali kontrolu tím, že přemohli rakouskou pomocnou sílu, ale nevýkonnost a nespokojenost mezi osmanskými vojáky – především elitními janičáři – nakonec podkopala schopnost Osmanů vydělávat na vítězství. Tato setkání podtrhla zranitelnost osmanských pozic v Maďarsku a vytvořila precedens opakovaného rakouského odporu, který by oslabil osmanskou kontrolu v následujících desetiletích.