
Po bitvě u Marchfeldu v roce 1278 získal Rudolf Habsburský kontrolu nad Rakouskem a Štýrskem, což znamenalo začátek habsburské vlády v regionu. Toto vítězství ukončilo desetiletí nestability během interregna a položilo základy pro rozvoj Rakouska jako politické a dynastické mocnosti ve Svaté říši římské.
Rudolf I. a rané habsburské dědictví (1278–1358)
Rudolf I. čelil odporu při upevňování habsburské moci v Rakousku, ale nakonec uspěl tím, že v roce 1282 odkázal rakouská a štýrská vévodství svým synům Albertu I. a Rudolfu II. Téměř okamžitě však začaly spory o nástupnictví. Smlouva z Rheinfeldenu (1283) prosadila prvorozenství a přiměla mladšího Rudolfa II. postoupit své nároky na svého bratra Alberta I. Tato rivalita pokračovala i v dalších generacích, poznamenaných častým dělením habsburských zemí mezi členy rodiny.
Albert I. krátce dosáhl císařského trůnu v roce 1298, ale byl zavražděn v roce 1308 a Habsburkové se snažili udržet kontrolu nad Rakouskem a vliv v říši. V roce 1335 Albert II. rozšířil habsburská území tím, že získal Korutany a Kraňský pochod, čímž vytvořil základy habsburských dědičných zemí.
Rudolf IV a Privilegium Maius (1358-1365)
Za Rudolfa IV. zakladatele udělali Habsburkové významné kroky ve zvýšení postavení Rakouska. V roce 1359 vydal Rudolf Privilegium Maius, dokument falešně prohlašující povýšené postavení Rakouska jako arcivévodství, čímž jej postavil na stejnou úroveň jako voliči Svaté říše římské. I když tento nárok tehdy nebyl uznán, symbolizoval rostoucí ambice Habsburků.
Rudolf IV. také podporoval hospodářský růst, založil vídeňskou univerzitu a inicioval stavbu katedrály sv. Štěpána. Jeho úsilí upevnilo roli Vídně jako politického a kulturního centra. Po získání hrabství Tyrol v roce 1363 se nyní habsburské země rozšířily přes východní Alpy a vytvořily to, co se stalo známým jako dědičné země. Rudolfova brzká smrt v roce 1365 však zanechala panství rozdělené mezi jeho bratry.
Dům rozdělený: Albertinské a Leopoldovské linie (1379–1457)
Po smrti Rudolfa IV. se jeho bratři Albert III. a Leopold III. hádali, což vedlo k Neuberské smlouvě (1379), která rozdělila habsburské země. Rakousko (Horní i Dolní Rakousko) přešlo na albertinskou linii, zatímco Štýrsko, Korutany, Kraňsko a Tyrolsko byly řízeny leopoldovskou linií. Toto rozdělení oslabilo Habsburky, s více vládci vládnoucími roztříštěným územím, vytvářet nestabilitu skrz 14. a 15. století.
- Albertinian Line (1379–1457): Albert III vládl až do roku 1395, následoval jeho syn Albert IV a vnuk Albert V (který se stal německým králem Albertem II). Tato linie však skončila smrtí Ladislava Posmrtného v roce 1457.
- Leopoldovská linie (1379–1490): Leopoldovská větev se dále rozdělila na Vnitřní Rakousy (Štýrsko, Korutany a Kraňsko) a Další Rakousko (Tyrolsko a Vorarlbersko). Toto rozdělení trvalo až do roku 1490, kdy byly všechny habsburské země znovu sjednoceny za Maxmiliána I.
Inkvizice a náboženské pronásledování
V průběhu 14. století se inkvizice zaměřovala na kacíře, zejména valdenské. Mezi lety 1391 a 1402 vedl inkvizitor Petrus Zwicker kruté pronásledování ve Steyru, Kremsu a Vídni, přičemž jen ve Steyru bylo upáleno přes 80 osob. Tyto události nyní připomíná památník ve Steyru, postavený v roce 1997.
Znovusjednocení a vzestup Fridricha III. (1453-1493)
V polovině 15. století albertinská linie zanikla a roztříštěné habsburské země přešly zpět do leopoldovské linie. Fridrich V. (později Fridrich III.) se stal klíčovou postavou při znovusjednocení habsburských území. Fridrich se stal německým králem v roce 1440 a byl korunován na císaře Svaté říše římské v roce 1452, což znamenalo trvalý nástup Habsburků v rámci říše.
Fridrich také znovu sjednotil jádrová rakouská území po smrti Ladislava Posmrtného v roce 1457, čímž ukončil vnitřní rozdělení mezi albertinskou a leopoldovskou linií. Za Fridrichovy vlády bylo Rakousko stabilizováno a Habsburkové se stali jednou z nejmocnějších dynastií v Evropě.